地质年代第四纪（250万年）以来，由于受新构造运动影响，稻城亚丁自然保护区发生了强烈的抬升和断裂，形成了特有的高原峡谷地貌。保存了以冰峰雪岭、冰川宽谷、原始森林和高原草甸为主的极地高山自然生态系统。地层发育基本齐全，即有前震旦纪的沉积，又有震旦纪地层出露。古生代、中生带地层广布全区，且具有多边特征，新声带地层分布零星，其成因类型多样。
地形复杂，西北高、动南低，群山起伏，逶迤莽苍，重峦叠嶂。全县自西北而东南，山脊河谷相间，天然划分成三个类型区；北部为典型的丘状高原，中部属山原地貌区，南部为高山峡谷区。
稻城境内最高峰为南部的贡嘎山萨内日、海拔6032米，最低处为东义南部的色空村、海拔1900米，相差4132米。稻城亚丁地形地貌天然划分成三个类型区：北部高原宽谷区，海子山骈稻城河，海拔3600—5020米，高差为1420米，丘状、病蚀岩盆和断陷盆地遍于地表面，草原辽阔，是发展畜牧业的良好基地，属一熟作物区；中部高原区，波瓦山骈赤土河，属一熟作物和两熟作物相间区；南部高山峡谷区，俄初山骈东义河，海拔一般比高为2000米左右，溪流发达，森林茂密，宜经济林木的发展，属两熟作物区。
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