稻城亚丁保护区内野生动物种类繁多，约200余种，其中受国家保护的有20种。主要以高山动物、森林动物为主，南北动物种类混杂明显，尤以兽类为突出。
属南方动物系区的有小熊猫、豹猫、林麝、白臀麂、牛羚等，属北方动物区系的种类有狼、猞猁、岩羊、藏鼠兔等。兽类中属国家一、二级保护动物的有油牛羚、小熊猫、水鹿、白臀鹿、林麝、豹、金猫、鬣羚、斑羚、黑熊、短尾猴等。此外，黄鼬、松鼠、灰尾兔、猪獾分布数量也较大。
鸟类中属国家保护动物有藏马鸡、金鸡、藏雪鸡、稚鸡、雪稚等。我国特有种类有花背噪鹛、橙枝噪鹛等。此外，其它鸟类十分丰富，分布数量也较大。爬行类、两栖类主要有高原蝮蛇、烙铁头、斜鳞蛇、滑蜥、中国林蛙、大蟾蜍等。
鱼类种类较丰富，主要种类有四川裂腹鱼、厚唇裸重唇鱼、短尾高原鳅、梭形高原鳅、细尾高原鳅、斯氏高原鳅、壮体鱼、黄石爬等。
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